Институтът по земеделие в Кюстендил е специализирано научно-изследователско учреждение за решаване на теоретични и практически проблеми на земеделието, внедряване на български и чужди постижения, оказване помощ на земеделските производители. Той е правоприемник на откритата със Заповед на Министерство на земеделието № 2646 от 19.12.1929 г. Овощарска опитна станция в Кюстендил. Към Института са обособени два отдела.
Отдел „Селекция, интродукция и сортиране на култури“:
Отдел „Агротехника, растителна защита и икономика на културите на растенията“:
Институтът има програмна акредитация за обучение в областта на образованието и научна степен „Доктор” в професионално направление 6.1. Растениевъдство по научни специалности „Селекция и семепроизводство в културни растения” и „Овощарство”.
В резултат на интензивна селекционна дейност в Института по земеделие в Кюстендил са създадени 11 сорта череши; 6 ябълки; 4 круши; 4 сливи; 1 праскова; 1 кайсия ; 2 подложки за череша и 1 за ябълка. Сключване на лицензионни договори за ползване и реализиране на производствени резултати и произвеждане на посадъчен материал от сортове, собственост на Института. Разработване на цялостни технологии или отделни технологични решения за създаване и отглеждане на овощни култури на база подбор на най-подходящи сортове, подложки или сортоподложкови комбинации съобразно конкретните екологични условия. В това отношение приоритетни са технологиите за създаване и отглеждане на насаждения от череши, вишни, ябълки, сливи и круши. Научноизследователската програма е насочена и върху производството на интегрирана и биологична плодова продукция. Предлагане на висококачествен посадъчен материал и плодова продукция от основните и перспективни сортове овощни видове.